Il coinvolgimento del Segretariato nelle attività dell’Organizzazione Mondiale della Sanità riguarda due settori in particolare: la sicurezza degli alimenti e le zoonosi.
Per quanto riguarda la sicurezza degli alimenti, questa si sviluppa all’interno del Codex Alimentarius, un organismo nato dalla collaborazione FAO-OMS, finalizzato ad elaborare standard e linee guida nella produzione degli alimenti per regolarne la commercializzazione ed assicurere al consumatore una sicurezza indipendente dal luogo di provenienza della merce.
Per quanto riguarda le zoonosi, malattie trasmissibili dagli animali all'uomo, l'OMS è l'organismo internazionale di riferimento, assieme all'OIE.